22 червня 1941 року гітлерівські орди напали на Радянську країну. Близько 600 жителів Балок пішли захищати Вітчизну. Ті, що залишилися, збирали врожай, допомагали червоноармійцям копати протитанкові рови і траншеї. З наближенням фронту з села було вивезено найбільш цінне артільне майно. На схід евакуювалася і частина жителів. Група балківчан влилася до Василівського партизанського загону, створеного для боротьби в тилу ворога.
Невдовзі після того, як 4 жовтня фашисти окупували Балки, командир партиганського загону О. Г. Дяченко послав сюди комуністів С. Г.
Активну боротьбу проти загарбників провадив також партизанський загін К. І. Лиманченка, що діяв у плавнях між Балками та Благовіщенкою. На його бойовому рахунку близько 100 знищених солдатів ворога, 3 автомашини. Загін поповнювався йовими бійцями з місцевих жителів. Восени 1943 року він налічував 220 чоловік.
27 жовтня 1943 року частини 3-ї гвардійської армії 3-го Українського фронту визволили Балки від німецько-фашистських загарбників. В кровопролитних боях за село брали участь і воїни-балківчани, офіцери Червоної Армії М. Г. Загонка, С. В. Денисенко, І. Єрмоленко. На фронтах Великої Вітчизняної війни відзначилося багато жителів Балок. Понад 150 чоловік нагороджені орденами і медалями. З орденами Червоного Прапора, Червоної Зірки і чотирма медалями повернувся до рідного села М. Я. Куценко. Ратні подвиги І. Я. Худолія командування відзначило двома орденами Слави і трьома медалями. Та не всі воїни після перемоги повернулися до мирної цраці. Віддали своє життя за Вітчизну ветерани боротьби за владу Рад Т. П. Бенда, В. А. Лютий, П. С. Минько та інші.
За час окупації гітлерівці завдали селу величезних збитків. Тільки колгоспи зазнали втрат на 72 млн. карбованців. Гітлерівські варвари спалили в Балках всі адміністративні і шкільні приміщення, лікарню, зерносховища, 57 житлових будинків, вивезли 407 коней, 220 голів великої рогатої худоби, понад тисячу свиней і овець. В селі не лишилося жодного трактора, комбайна, сівалки. В колгоспі ім. Будьонного восени 1943 року було всього 8 коней, 3 плуги, 8 борін та сіножатка, в артілі «Селянка» — пара коней, 5 борін та 6 культиваторів.
У грудні 1943 року відновила роботу Балківська МТС.
Механізатори із назбираних старих частин склали кілька тракторів і комбайнів. Ними МТС мусила обслуговувати 24 колгоспи, які тоді мали 102 коня та 39 волів. Через гостру нестачу техніки і робочих рук у 1944 році балківчани обробили та засіяли лише половину орної землі. І все-таки завдяки самовідданій праці колгоспниць, таких як К. Гладка, К. Руденко, П. Сорокопуд, К. Савкіна та багатьох інших, артілі зібрали порівняно непоганий врожай — по 13 цнт озимої пшениці з га, по 10 цнт кукурудзи.
Організуючою силою в битві за врожай виступала сільська парторганізація, якою керував І. Г. Денисенко. Комсомольці села також по-бойовому готувалися до сівби — очищали і засипали в комори посівний матеріал, ремонтували інвентар, орали, сіяли.
З переможним завершенням війни держава посилила допомогу машинами, худобою. На весну 1946 року МТС мала вже 59 тракторів, 22 комбайни. В колгоспах значно збільшилася кількість коней та волів. Все це дало змогу повністю обробити орні землі. Комуністи МТС особливу увагу приділяли поліпшенню використання техніки. Організоване ними соціалістичне змагання дало добрі наслідки. Тракторист К. С. Гергіль на тракторі ХТЗ-НАТІ виробив 1075 га умовної оранки. Історія села ще не знала такого трудового подвигу. Завдяки піднесенню рівня механізації 1949 року всі балківські артілі досягли довоєнного рівня виробництва.
Протягом наступних двох років в Балках відбулося укрупнення колгоспів. Замість 11 дрібних тут створено шість, а потім три великі господарства — ім. Будьонного, ім. Ворошилова та «Перемога». В кожному діяла первинна партійна організація. Для дальшого підвищення продуктивності праці комуністи добилися запровадження індивідуальної відрядності поширення досвіду передовиків. В усіх артілях організували громадське харчування, впорядкували польові стани, криті токи, обладнали ленінські кімнати-агітпункти. Комсомольці почали випускати польові і світлові газети. Розгорталася лекційна пропаганда.
Організаційна та ідеологічна робота сприяла поліпшенню трудової дисципліни, зміцненню економіки артілей. У 1951 році хлібороби зібрали по 21,2 цнт колоскових, 31 цнт кукурудзи з гектара.
Роки другої і третьої післявоєнних п'ятирічок були періодом дальшого зміцнення колгоспів. 1953 року, коли село підключили до державної електромережі, розгорнулася механізація трудомістких процесів на токах, фермах і в майстернях. Зросла продуктивність тваринництва. Доярки колгоспу ім. Будьонного М. Костюк, М. Юхименко, М. Яремчук щороку надоювали по 3 тис. і більше кг молока від корови. На новий ступінь піднялося овочівництво. Цьому сприяло спорудження зрошувальної системи на 250 гектарах.