6 жовтня 1941 року гітлерівські війська окупували Ногайськ. Одразу ж почалися облави на комуністів. Фашисти заарештували і розстріляли 117 жителів, у т. ч. кількох комуністів.
Майно радгоспу і колгоспів окупанти оголосили своєю власністю, створили Т. ЗВ. общини, примушуючи жителів безплатно працювати на
Та трудящі не корились окупантам. Члени підпільної групи, очолюваної директором місцевої школи С. А. Ліпченком, поширювали серед населення антифашистські листівки, переховували червоноармійців, що тікали з полону, виготовляли для них документи. Гестапівці заарештували багатьох народних месників і в 1943 році на околиці Бердянська розстріляли Є. М. Барановського, О. І. Гуленську, І. М. Га- лигузова, В. І. Бредихіна, А. Ф. Власова, В. Г. Голубова, С. О. Русинського, М. І. Захарова, І. І. Лазаренка, Ф. В. Ліпаткіна, С. А. Ліпченка, Т. Т. Поздня- кова, І. ї. Прядка, О. Ю. Рослякова, Ф. І. Сочинського, І. М. Тисленка, А. П. Ши- панова, П. І. Заболотного. Тільки деяким підпільникам пощастило врятуватися: К. І. Ліпаткіна й Л. Ф. Ліпаткіна втекли з Бердянської тюрми, М. Р. Корнієнка поліцаї жорстоко побили, а потім звільнили. В. П. Супрун і С. П. Шутенко уникнули арешту й переховувалися до визволення Ногайська Червоною Армією.
18 вересня 1943 року воїни 130-ї стрілецької дивізії під командуванням полковника Кс В. Сичова визволили Ногайськ від окупантів. Відступаючи, фашисти зруйнували вальцьовий млин, цегельний, пивоварний і рибний заводи, будівлі МТС, електростанцію, друкарню, школу, лікарняне містечко, 75-метровий міст через річку Обиточну, морську пристань, 130 житлових будинків та інші споруди. Загальна сума збитків, заподіяних ворогом, становила 42,4 млн. карбованців.
Сотні вихідців з Ногайська продовжували далі громити фашистів. І. Т. Шаповалов, пішовши добровільно на фронт, захищав Донбас, брав участь у боях за Ростов у 1941 році. Під час боїв на Кубані в січні 1943 року сержант І. Т. Шаповалов під щільним кулеметним вогнем ворога розмінував проходи і відкрив шлях наступаючим радянським - танкам, за що був відзначений урядовою нагородою. Комуніст Ф. О. Панченко, потрапивши після поранення у полон, не припинив боротьби з фашистами. Після втечі з концентраційного табору він разом з польськими партизанами громив гітлерівців, за що нагороджений орденом «За свободу польського народу». Старшина 1-ї статті В. М. Долганов, захищаючи Ленінград, брав участь у сміливих рейдах моряків на бронепоїзді «За батьківщину!». Залишивши мирну професію агронома, лейтенант артилерії І. Р. Босенко бився з фашистами на Калінінському і Ленінградському фронтах, потім брав участь у визволенні багатьох країн Західної Європи. Крім інших нагород, лейтенант І. Г. Босенко відзначений медаллю «За визволення Праги». Воїнам-землякам, які не повернулися з фронтів Вітчизняної війни, у місті встановлено монумент.
Відроджувати зруйноване ворогом господарство було дуже важко. Не вистачало техніки й тягла, робочих рук, транспортних засобів. Колгоспники змогли зберегти тільки 39 голів артільної худоби. Від частин Червоної Армії колгоспи одержали 26 робочих коней. Механізатори Троянівської МТС відшукували в металобрухті старі частини і ладнали трактори, щоб допомогти колгоспникам та робітникам радгоспу. Проте восени 1943 року жінкам і підліткам довелося обробляти землю майже повністю вручну та своїми уцілілими коровами. З такими ж труднощами провели сівбу і жнива 1944 року. Натхнені перемогами Червоної Армії на фронтах, люди працювали з величезним піднесенням. Вже того року майже наполовину збільшилося поголів'я худоби, а грошові прибутки становили 370 тис. крб. Колгоспники допомагали фронтові хлібом, здавали до фонду перемоги облігації державних позик, грошові заощадження, збирали теплі речі і подарунки для радянських воїнів.
Поступово відновлювали роботу промислові підприємства. Влітку 1944 року почала працювати артіль «Червоний цегельник». Майже водночас було створено промисловий комбінат у складі деревообробного, ковальського та механоскладального цехів, відновилася робота шевської та кравецької майстерень. Згодом запрацювала невелика електростанція.
1946 року хлібороби освоїли довоєнні посівні площі. Серед трудящих розгорнулося змагання за кращі показники у підвищенні культури виробництва і високу врожахшість. Щоб поширити передовий досвід у господарствах району, з жовтня 1950 року в Ногайську щорічно проводилися сільськогосподарські виставки.
Протягом першої повоєнної п'ятирічки колгоспи селища добилися підвищення урожайності зернових і бобових культур до 10—12 цнт з га. В 1950 році 4 ногайські артілі об'єдналися в дві. В роки другої повоєнної п'ятирічки в артілях ім. Сталіна та ім. Калініна, а також в радгоспі «Надія республіки» пересічна врожайність зернових зросла до 14, а соняшнику — до 12 цнт з га. Навесні 1957 року артіль ім. Калініна приєднали до радгоспу «Надія республіки». На початку 1958 року на базі навчально-дослідного господарства сільськогосподарського технікуму створено плодорозсадницький радгосп «Приморський». Через два роки він задовольняв потреби господарств і трудящих у фруктових та декоративних саджанцях не тільки свого, а й сусідніх районів. Тут було закладено 219 га садів та 117 га виноградників. За роки семирічки це господарство розширилося і зміцніло. У 1964 році сюди приєднано землі першої бригади колгоспу ім. Димитрова (села Банівка). Загальна площа угідь становила 3244 га. У 1968 році хлібороби виростили по 28 цнт озимої пшениці з га, по 39 цнт кукурудзи. Господарство було добре оснащене технікою.
Значних досягнень добилися і працівники радгоспу «Надія республіки». Протягом семирічки вони збирали пересічно по 25 цнт озимої пшениці з га. Збільшилася площа під садами та виноградниками, господарство