Дізнавшись про напад фашистської Німеччини на Радянський Союз, трудящі Пологів висловили готовність стати на захист завоювань Жовтня. На підприємствах і в установах міста відбулися мітинги. Машиніст-інструктор І. П. Баркалов заявив, на мітингу залізничників:
«Мені 52 роки. Я в громадянську війну водив бронепоїзди і зараз... готовий обрушити їх нищівний удар на кровожерливих фашистів».
У перші ж місяці війни до лав Червоної Армії вступило понад 2 тис. мешканців міста. Велику допомогу армії подав і винищувальний загін, створений у місті.
Німецько-фашистські війська окупували місто 5 жовтня 1941 року. Загарбники оголосили всі підприємства своєю власністю. Щоб залякати радянських людей, фашистські варвари вже в перші дні провели масові арешти. На околиці Пологів вони розстріляли і кинули в яму салотопки 66 радянських громадян, у т. ч. 20 дітей.
Після жорстоких тортур гітлерівці розстріляли старого машиніста паровоза Ф. К. Кубаху та члена сільради приміського села активістку Н. М. Кубаху за переховування рації, залишеної однією з відступаючих радянських частин. Рація призначалася для зв'язку з Червоною Армією. Ф. К. Кубаху посмертно нагороджено-медаллю «За відвагу».
Відступаючи під ударами радянських військ, окупанти знищили залізничний вузол, завод «Коагулянт», рудник, маслозавод, млин, десятки приміщень установ, організацій, школи, лікарні, житлові будинки тощо. Збитки, заподіяні ними, становили 14,5 млн. крб. За час окупації фашисти вивезли до Німеччини 966 жителів міста.
Війська Південного фронту 17 вересня 1943 року визволили Пологи від німецько-фашистських окупантів. Безпосередньо за місто вели бої 50-а гвардійська і 230-а стрілецькі дивізії, якими командували полковник А. С. Владиченський та полковник А. А. Український. Під час боїв за Пологи загинуло 95 радянських воїнів, у т. ч. командир 487-го мінометного полку 156-ї стрілецької дивізії М. Ф. Пуговський. Після закінчення війни на братських могилах встановлено пам'ятники.
Фронт просувався на захід. Червона Армія громила фашистів. Десятки воїнів-пологівців за мужність, виявлену в боях проти фашистських загарбників, нагороджені орденами і медалями Радянського Союзу. 450 жителів міста полягли в боях за свободу і незалежність Батьківщини. Залізничник Я. Я. Швачко службу у Військово-Морському Флоті почав ще 1936 року. З жовтня 1941 року і до закінчення війни був командиром відділення мотористів. Груди Я. Я. Швачка прикрасили багато орденів і медалей та Золота Зірка Героя Радянського Союзу. Цього ж високого звання удостоєно І. І. Чеберка.
Зразу після визволення в Пологах відновили роботу райком партії і райвиконком. У місті до визволення Запоріжжя перебували обласний комітет партії та облвиконком. Постачання наступаючих частин Червоної Армії вимагало насамперед безперебійної роботи залізничного вузла. Пологівці вручну очистили територію станції та депо від завалів цегли, розібрали понівечені рейки та пошкоджені шпали. Робітники проклали нові колії, підготували до дії депо, водокачку. 7 жовтня 1943 року станція прийняла перший поїзд.
Наступного року колектив вагонного депо відбудував парову магістраль опалення, стенд для випробувань повітророзподілювачів, верстати та обладнання. Колектив відділення служби руху та паровозного депо станції за високі виробничі показники у квітні й травні 1944 року удостоївся перехідного Червоного прапора Народного комісаріату шляхів СРСР і ВЦРПС, три місяці утримував перехідний Червоний прапор Сталінської залізниці1. У січні 1945 року робітники Пологівського вагонного депо вибороли перше місце у змаганні серед колективів залізниці. За успішне виконання урядових завдань по перевезенню військових та народногосподарських вантажів у роки Великої Вітчизняної війни 7 пологівських залізничників нагороджено орденами й медалями, а машиніста-інструктора І. П. Баркалова удостоєно ордена Леніна.
Війна ще не закінчилася і трудящі міста всім, чим могли, допомагали фронту. Вони разом з колгоспниками району з власних заощаджень внесли у фонд будівництва ескадрильї винищувачів 1,8 млн. крб. А житель Пологів М. Т. Леонов, двоє синів якого були радянськими офіцерами, передав для Червоної Армії збережені ним коштовні речі і 1 тис. крб. грішми.
Відроджувалася промисловість міста. Вже у грудні 1943 року почав працювати місцевий молокозавод. Для відбудови й розширення рудника держава асигнувала 16 млн. крб. В кар'єрі з'явився перший паровий екскаватор «Ковровец», а незабаром — дизельні екскаватори. Здійснивши великі відбудовні роботи, колектив рудоуправління уже 1944 року вдвічі перевиконав державний план видобутку каоліну та вогнетривкої глини. В квітні 1945 року став до ладу завод «Коагулянт». Країна знову одержала цінну продукцію.